转录因子调控了谁？100%可行的完整解决方案V2.0
耐心读完，消化，实践，修炼成转录调控专家。
转录因子对靶基因的调控是转录调控研究的核心问题。两年前，小哈曾介绍过这个问题的解决方案：
转录因子和靶基因系列（一）转录因子调控哪些下游基因，有实验证据的线索
转录因子和靶基因系列（二）按类检索转录因子ChIP-seq数据
近两年，越来越多的研究者关心lncRNA/circRNA调控了谁？谁来调控lncRNA/circRNA？随着技术的发展和数据的积累，现在能更加完善的解决这个问题。现推出解决方案的升级版本V2.0，一学就会，且100%可行，有不清楚的地方，留言沟通。如果您实在不想自己做实验或做分析，还可以到文章结尾直接找嘉因生物帮您解决。
分三篇讲述：
本篇解决的问题：
转录因子调控了谁？本质是蛋白质对DNA的调控。此处"DNA"包括能够翻译成蛋白质的蛋白编码基因、能够转录成lncRNA/circRNA/miRNA的基因
第二篇要解决的问题：
谁来调控我感兴趣的基因？本篇从转录水平研究。本质是蛋白质/RNA对DNA的调控。下篇重点讲转录后水平的研究方案。
第三篇要解决的问题：
ncRNA向下调控了谁？
转录水平，ncRNA基因受谁调控
转录后，ncRNA受谁调控
本质是RNA对DNA/RNA/蛋白质的调控、蛋白质对RNA的调控。人们发现了大量非编码RNA（ncRNA）具有调控作用，本文ncRNA包括lncRNA、circRNA、miRNA
转录因子调控了谁？
两种高通量实验和一种计算方法能够解决这个问题
Plan A：ChIP-seq，最直接，最有效
Plan B：DNase-seq/ATAC-seq或RNA-seq，曲线救国；与ChIP-seq整合分析更准确
Plan C：基于motif预测
Plan A：ChIP-seq
ChIP-seq，染色质免疫沉淀实验结合高通量测序，是在体内in vivo研究蛋白质与DNA结合关系的最有效方法。
简单讲ChIP-seq的原理：用转录因子（简称TF）的抗体抓TF，顺便抓下来TF结合的DNA，提取DNA，测序，就知道TF结合了哪些DNA，推测DNA附近的基因受该TF的调控。点击链接看视频：ChIP-seq基础知识视频集锦 | MIT公开课，ChIP实验视频 | 国语中字。
CistromeDB数据库，http://cistrome.org/db/，收录了已发表的人和小鼠2万多套ChIP-seq、DNase-seq和ATAC-seq数据，不断更新收录新数据。
查看您感兴趣的转录因子是否已经做过ChIP-seq，您感兴趣的细胞系有没有人做过DNase-seq或ATAC-seq，查询方法非常简单。可进入http://cistrome.org/db/#/tutorial查看教程，有视频讲解。
点击Get top putative targets，这个表里就是该转录因子调控的靶基因
ChIP实验依赖于抗体，如果感兴趣的TF没有好用的抗体，怎么办？（点击此处查看ChIP抗体查询方法）。有Plan B，用DNase-seq/ATAC-seq或RNA-seq寻找受TF调控的基因。
Plan B：DNase-seq/ATAC-seq或RNA-seq
实验材料：
处理组：TF KD/KO/过表达或激活的样品
对照组：TF正常表达的样品
实验方法：
DNase-seq/ATAC-seq，观察两组样品基因组开放区域的变化，推测TF结合的位置，从而推测TF调控的靶基因。
如何查询已发表的DNase-seq/ATAC-seq数据？
到CistromeDB里查找DNase-seq/ATAC-seq数据，找你感兴趣的TF KO/KD/过表达或激活的样品。如果没有已发表数据，就自己做TFKO/KD/过表达或激活的样品。DNase-seq实验不稳定，世界上只有个别组能做好该实验；推荐做ATAC-seq。
RNA-seq，筛选两组样品的差异表达基因，推测TF调控的靶基因。
怎样找到这样两组样品的已发表的RNA-seq数据？
从GEO数据库www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/搜索感兴趣的TF，在左侧点击Study type->Customize ...，勾选
点击右侧Top Organisms里的Homo sapiens (29)，筛选出带有TP53字样的人的高通量测序表达谱数据。
往下拉，找TP53发生变化的样品的测序数据，找到不只一套
下载GSE89226_Gene_count_rpkm.txt.gz文件，查看差异表达基因，推测受TP53调控的基因。
如果没有可用的ChIP-seq、DNase-seq、ATAC-seq公共数据，也不想自己测序产生数据，就上Plan C。
Plan C：motif分析
每个转录因子都有一个DNA结合结构域（DBD），喜欢结合在特定DNA序列上，也就是motif。去基因组上搜索motif所在的位置，其附近的基因就有可能受该TF的调控。
怎样找TF的motif？motif在哪些基因附近？
JASPAR和TRANSFAC对比，参考seqanswer上资深member的评价：
JASPAR数据库http://jaspar.genereg.net/收录的TF motif信息全质量好。查询感兴趣的TF CEBPB，Quick Search
点击motif logo，就是那个彩色的高高低低的ATCG图
点击左侧SITES下的...as bed file，就能看到motif所在的位置信息。
bed file长这样
要直观的查看具体位置怎么办？
把上面的网页另存为文本文件，拖拽到IGV里，就能看到哪个基因附近有motif。
想获得基因列表，怎么办？
用UCSC的Table Browser，https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables，在region行选择position，点击最右边的define regions。
把bed文件的前三列粘贴进去
submit，回到Table Browser页面，点击get output，第二列就是基因名。到Excel里，把第二列复制粘贴出来就行了。
小结
Plan A ChIP-seq。找到的是TF直接结合的DNA，包括TF1结合TF2，TF2结合Gene1的情况；
Plan B RNA-seq、DNase-seq/ATAC-seq。找到的受TF调控的基因有可能是直接调控，也可能是间接调控，即TF1调控了TF2，TF2调控了Gene1。
Plan C motif。某个位置有motif，TF未必会结合；反之，没有motif，TF未必不结合，有可能TF1结合到TF2上或mediator上，再结合到DNA上。
整合分析TF的ChIP-seq数据和该TF KD/KO/过表达或激活样品的RNA-seq数据，能更准确的预测其靶基因，点击链接查看具体方法：ChIP-seq和RNA-seq整合分析，BETA最擅长
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